Ensimmäinen jumalanpalvelus Lohtajan kirkossa pidettiin 12.5.1769.
Kirkon kattolaudoituksessa on käytetty edellisen v. 1644 rakennetun pitkäkirkon seinälautoja. Myös muita edellisen kirkon esineitä ja kalustoa, kuten saarnastuoli, on käytössä nykyisessä kirkossa.
Saarnastuoli on barokkityylinen ja sen on tehnyt Johan Backman, joka tunnetaan myös kirkkomaalarina. Saarnastuolin käytävässä on sanat "Bona, bene, breviter" (Hyvää, hyvin, lyhyesti). Ne on kirjoittanut 1800-luvun lopussa Suur Lohtajan viimeinen kirkkoherra K.A. Keckman. Sananparret tuntevat hänet kautta maan Lohtajan Provastina, esim. "Saarnaa kuin Lohtajan Provasti".
Kirkon huomionarvoisin esine on Mikael Toppeliuksen vuosina 1770-73 maalaama alttaritaulusarja. Toppelius on tunnetuin vanhoista suomalaisista kirkkomaalareista. Näissä alttaritauluissa sanotaan hänen värienkäyttönsä puhjenneen loistoonsa. Taulut inspiroivat säveltäjä Eero Erkkilää luomaan jumalanpalvelusmusiikin, Lohtajan Triptyykki-messun, joka kuullaan aika ajoin Lohtajan Kirkkomusiikkijuhlilla.
Lohtajan kirkon peruskorjaus valmistui joulukuussa 2010
Kokkolan kirkko on nimeltään "De profundis" - "Syvyydestä". Kirkon on suunnitellut arkkitehti Aarne Nuortila ja se on vihitty käyttöön joulukuussa 1960. Kirkkosalissa on 1200 istumapaikkaa ja kirkossa on lisäksi mm. urkuparvi,lastenhuone ja toimituskappeli.
Lohtajan kirkkoherranpappila Saukko on sijainnut samalla paikalla yli 400 vuotta. Ensimmänen ehdotus pappilan nykyisen päärakennuksen syntymäpäiväksi on 12.6.1797, jolloin lääninrovasti Anders Chydenius piti rovastintarkastuksen. Sen yhteydessä laadittiin sopimus pappilan uuden päärakennuksen tekemisestä. Piirustukset hyväksyttiin joulukuussa 1797. Pappilan 200-vuotisjuhlia vietettiin 2003, sillä ensimmäinen isäntä, Anders Törnudd, asettui taloon vuonna 1803.
Anders Chydeniuksen luonnos Lohtajan pappilaksi on niin lähellä nykyistä, että häntä voidaan pitää yhtenä sen tekijöistä. Professori Armas Luukko sanoo Suur-Lohtajan historiassa Lohtajan pappilaa yhteisen Suur-Lohtajan kirvesmiesten kauniiksi muistomerkiksi.
Lohtajan kaunis kappeli sijaitsee hautausmaalla vanhan rantatien varrella, noin kilometrin päässä kirkosta. Kappelin on suunnitellut lohtajalainen monitoimimies Emil Erkkilä, ja rakennustyöt valmistuivat 1937. Kirkkomusiikkijuhlien perinteiset, päivittäiset Sanaa ja musiikkia -tilaisuudet vietetään tässä tunnelmallisessa kappelissa.
Jukkolanmäen Navetanvintti sijaitsee vajaan kilometrin päässä Lohtajan kirkolta Ohtakarintien varressa. Vanhan navetan yliset on kunnostettu 2013 ja sisustettu kauniin maalaishenkisesti juhlakäyttöön. Tila soveltuu monenlaisten tilaisuuksien pitämiseen.
Kaarlelan vanha pitäjänkirkko on yksi Pohjanmaan keskiaikaisista kivikirkoista, joita on kaikkiaan seitsemän. Kirkon tarkkaa rakentamisvuotta ei tiedetä, mutta sen vanhimmat osat ajoitetaan 1460-luvulle.